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    如何提高DNA濃度/純度測定的準確性?

    發(fā)布時間: 2024-04-23  點擊次數(shù): 448次

    分子生物學實驗中經(jīng)常需要對樣品進行濃度和純度的測定,它相當于一種質(zhì)控,以此來確保下游實驗的結(jié)果可靠。


    常用的DNA濃度/純度測定設備是紫外分光光度計,它的原理是利用物質(zhì)分子對紫外可見光譜區(qū)的輻射吸收來進行分析物質(zhì)成分。


    這樣來描述可能有點生硬,我們舉個栗子:


    假設現(xiàn)在有一樣物質(zhì)A,它溶解在溶液內(nèi),當光照射溶液時,溶液內(nèi)的A會吸收一部分的光。不同顏色的光有不同的波長,A對不同顏色的光(不同波長)的吸收程度是不一樣的。


    雙鏈的DNA,它能對波長為260nm的光進行強烈的吸收,吸收的程度可以用一個叫吸光度的數(shù)值來測量,濃度越高的DNA,理論上吸光度也越高。


    最后,通過與標準品的吸光度數(shù)值對比后,就可以知道未知濃度的DNA有多少量了。


    如何提高DNA濃度/純度測定的準確性?


    DNA濃度測定通常會使用紫外分光光度計,常見的有NanoDrop這類設備。除了DNA,它還能測定RNA和蛋白的吸光度。

    要提高濃度測定的準確性,需要注意以下幾點:

    • 檢測之前,務必充分混勻DNA溶液,因為這類機器的上樣檢測體積只需要1-2uL,如果樣品沒有混勻,那么每次檢測樣品濃度也會不一樣。

    • 因為上樣體積很小,所以樣品很容易揮發(fā),如果把樣品加在檢測基座后不馬上檢測的話,會導致測出來的樣品濃度偏高。

    • 實驗環(huán)境和耗材的穩(wěn)定性要高。檢測設備應該在放置在溫度可控、通風的環(huán)境下;裝樣品的管子如果不是要進行吸取樣品操作的話,需要時刻緊閉。

    • 每次檢測完畢,都需要對檢測基座或者比色皿進行清洗和擦拭,確保不會有樣品殘留后,再進行下一次上樣檢測。

    • 空白調(diào)零,應該使用溶解待檢測樣品的溶液來調(diào)零。例如如果用水溶解DNA,那就用水調(diào)零,用其他緩沖液溶解,則用對應的緩沖液調(diào)零。

    在測定后,我們通常會看到,設備會提供幾個不同的結(jié)果給我們,有的是數(shù)值,例如OD230、OD260,有的是比值,例如OD260:280,那這些結(jié)果代表什么呢?

    OD是optical density(光密度)的縮寫,表示被檢測物吸收的光密度。

    OD=lg(1/trans),其中trans為被測物質(zhì)的透光值。

    不同的OD以及OD比值,代表不同的意義:

    如何提高DNA濃度/純度測定的準確性?


    【OD230】

    提取核酸時會用到各種化合物,它們以鹽離子的形式存在,例如胍鹽、苯氧基離子、硫氰酸酯。

    這些鹽離子對230nm波長的紫外光有強烈的吸收值。如果測定核酸時,發(fā)現(xiàn)OD230數(shù)值很高,代表溶液中的鹽離子濃度很高。

    【OD260】

    雙鏈DNA在這個波長下會對光有強烈的吸收。

    【OD280】

    芳香族氨基酸在這個波長下,有強烈的光吸收。如果該數(shù)值很高,代表DNA溶液中可能存在蛋白質(zhì)的污染.

    【OD320】

    通常是由光散射造成的。如果該數(shù)值很高,意味著溶液內(nèi)有顆粒物污染、待檢器皿例如比色皿有污漬。

    【OD260:OD280】

    通常用于判斷DNA或RNA溶液的純度。常用的指標是:在OD230數(shù)值較低,OD320數(shù)值較低的前提下。較高純度的DNA,比值應該為1.7~1.9之間,較高純度的RNA,比值應該為1.9~2.0之間。

    當然,以上測定的結(jié)果并非是絕對計數(shù)的數(shù)值,它是一個參考數(shù)值,因為我們在測定時是不涉及用到標準品這樣東西,所以,也就是我們測出來的數(shù)可以作為一定程度的參考。

    而且,當一些外界因素影響時,測定也會出現(xiàn)偏差,例如樣本含量非常非常低時,測定的數(shù)值誤差就會很高并不具參考意義,設備耗材出現(xiàn)問題時,測定的數(shù)值也會不準。

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